宠物狗替母狗配种好吗？
首先说明一点，动物之间也存在近亲繁殖，但是可能性很小，比如一窝的小羊羔两只公的一只母的，这都属于近亲繁殖，对于繁殖的物种来说，近亲繁殖的几率是10%左右；而两只公的两只母的，就属于远缘杂交了，成功几率接近100% 。所以题主所说的问题在现实中根本不存在。
再说一个事，其实小奶狗是很排斥和小奶猫接触的(我养过猫也养过狗，这点深有体会)，因为动物界都是母犬看护幼崽，公犬负责捕猎，如果公狗先接触到小猫，它会认为小猫抢走了自己的食物，会排斥、攻击甚至伤害小猫。
最后讲一下为什么动物之间一般不进行近亲繁殖。因为近亲繁殖会导致性状无法稳定的传递下去，有遗传缺陷的狗狗虽然有一代传下一代，但是后代再遗传到一定几率就会终止，相反，如果异类狗经过繁衍，即便有遗传缺陷也会被逐渐淘汰，最后稳定下来的是没有遗传缺陷的狗狗。这也是自然界优胜劣汰的一个表现。